No pasa nada cuando se detiene un servidor con /stop: tu mensaje de parada debe contener uno de los planned-shutdown-messages (consulta shutdown-message en bukkit.yml o el mensaje que use tu plugin de reinicio).
«config.yml is not valid: line N ...» al arrancar: VelorFailover queda inactivo. Corrige la línea y ejecuta /velorfailover reload.
Los jugadores no se redirigen: revisa /vf status; ambos servidores deben aparecer como online cuando se expulsa desde el caído, el servidor alternativo debe estar registrado en velocity.toml y la ruta debe existir en fallback-routes.
Un comando de cambio no hace nada: puede que otro plugin sea dueño de ese nombre (consulta la advertencia de arranque) o que el destino no esté en velocity.toml.